Laboratorium patologi anatomi juga merupakan salah satu layanan unggulan RSUI. Mesin pemotong preparat canggih tersedia di laboratorium ini. Hal ini memudahkan dokter untuk memperoleh sediaan yang ideal untuk nantinya dilihat dengan mikroskop. Mesin seperti ini tidak banyak dimiliki oleh rumah sakit bahkan rumah sakit kelas A sekalipun.

Setiap laboratorium yang ada di RSUI dilengkapi dengan mesin “portal pengirim” di mana spesimen hanya perlu diletakkan di mesin ini untuk bisa dikirim ke berbagai departemen lain untuk keperluan penelitian.